Thời gian bên trong phòng thí nghiệm, thời gian luân chuyển ở bên trong đường hầm thời gian trình tự dịch chuyển. Trong lúc này, sự tà ác của ma pháp sư Mã Lôi có ý đồ muốn đảo loạn thời gian luân chuyển, muốn hủy diệt Trái Đất.
Evangelion Shin Gekijouban: Jo, Rebuild of Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone, Evangelion: 1.01 You Are (Not) Alone, Evangelion: 1.11 You Are (Not) Alone